卫生部卫生经济研究所，于1991年经国家编委批准成立，是隶属于中华人民共和国卫生部的国家级研究机构。
* 主要职能
·开展国家卫生发展战略和卫生体制改革研究，提供决策咨询和建议；
·开展卫生经济基础理论和应用研究，为制定卫生领域宏观经济政策和微观经济管理提供理论依据；
·开展多部门相关领域综合研究，促进国际学术交流与合作；
·协调管理中国卫生经济网络，开展政策研究、全国大学卫生经济和卫生管理专业教师培训、省级卫生管理干部培训、开展卫生发展与卫生政策咨询服务；
·负责全国新型农村合作医疗的研究和技术指导与管理工作。
* 下设机构
行政办公室
·帮助所长处理行政事务以及为各研究室提供服务。
卫生费用核算研究室
·中国卫生总费用核算体系和测算方法研究；
·卫生总费用数据开发与政策应用研究；
·卫生筹资公平性研究；
·国家级卫生总费用核算信息发布系统和预警系统研究。
医院改革与管理研究室
·公立医院改革与治理研究；
·公立医院战略发展研究；
·医院薪酬管理研究。