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卫生部卫生发展研究中心的前身是卫生部卫生经济研究所，于1991年经国家编委批准成立，是隶属于中华人民共和国卫生部的国家级研究机构，是卫生部的技术咨询和智囊机构。经过十多年的创建、成长和发展，现已初具规模，现有82名在册研究人员，25名聘用和借调特邀研究员，8名国际知名专家分别任首席专家和客座研究员，在岗职工中博士16人，硕士63人，党员42人，高级职称22人，中级职称32人。
为了进一步加强卫生政策研究，更好地适应卫生改革与发展形势的需要，2010年3月12日经中央机构编制委员会批准，更名为卫生部卫生发展研究中心。
* 主要职责
开展国家卫生改革与发展战略研究，参与卫生改革发展实践工作；
开展与国民健康相关的公共卫生政策研究，为国家制定卫生政策提供咨询与建议；
开展卫生管理领域的研究与实践；
开展卫生政策与技术评估的研究与实践工作；、
卫生经济与卫生管理基础理论与方法学研究及其实践工作。
* 机构设置
现设有9个研究室、6个中心、2个行政科室。
卫生费用核算研究室
· 中国卫生总费用核算体系和测算方法研究；
· 卫生总费用数据开发与政策应用研究；
· 卫生筹资公平性研究；
· 国家级卫生总费用核算信息发布系统和预警系统研究。
医院改革与管理研究室
· 公立医院改革与治理研究；
· 公立医院战略发展研究；
· 医院绩效评价研究；
· 医院成本管理研究；
· 医院薪酬管理研究。
医药技术经济评价研究室
· 应用微观经济学的基本理论研究医药技术所对应的市场需求和供给（包括其不同细分市场的需求和供给）；
· 应用临床流行病学方法和微观经济学中相关的分析方法来评估医药技术；
· 从卫生资源的投入和产出两个方面，对各种卫生项目，尤其是公共卫生服务项目进行评价，包括对项目本身和不同备选方案的比较分析；
卫生政策研究室
国家卫生发展战略研究
国家卫生经济与卫生管理政策研究；
我国卫生体制和机制改革的相关经济政策研究；
国际卫生经济政策比较研究。
卫生服务体系研究室
· 城乡卫生服务体系研究
· 卫生资源配置与卫生机构功能定位和建设研究
· 卫生服务人力资源开发管理研究
· 卫生服务模式研究
医疗保障研究室
· 城乡医疗救助制度研究；
· 新型农村合作医疗制度研究；
· 城镇职工基本医疗保险制度研究；
· 流动人口医疗保障问题研究；
· 国外医疗保障制度研究；
· 医疗保障基础理论研究。
全球卫生研究室
·国际卫生体系与制度比较研究；
国际卫生体系发展比较研究
国际卫生法律与规制比较研究；
国际沟通与传播
卫生财会研究室
卫生会计原则及会计基本理论的研究
政府预算制度改革、政府会计改革与卫生会计发展研究
卫生医疗机构财务管理、成本管理、控制与评价研究
卫生医疗机构政府投入绩效研究
卫生机构投、融资模式研究、资金管理模式研究
卫生医疗机构会计信息化研究
国际卫生会计研究
卫生财政研究室
卫生财政理论研究；
政府在卫生事业发展中的财政责任研究；
政府卫生投入的预算管理方式研究；
政府卫生投入政策及其绩效评价研究；
卫生政策与技术评价研究中心
开展卫生政策效果评价研究，为决策者提供相关政策效果的科学证据；
开展卫生技术适宜性的评价研究，为适宜医药技术的决策提供指导意见；
开展公共卫生项目效果评价，为利益相关者提供项目实施结果的有效证据；
开展卫生政策和技术评价培训及提供咨询。
医学服务支付制度与编码研究中心
开展医疗服务操作分类与编码的理论与应用研究
受WHO委托实施ICD病例组合在中国的应用并负责对ICD的有关内容进行更新和修订；
参与WHO操作分类的国际开发,参与WHO-FIC编码工作在亚太地区的实施
医疗服务价格项目规范研究
医疗支付制度等相关理论、政策和管理研究；
在医院支付领域为政府提供决策与管理的技术咨询工作。
内设：
Ø 医疗服务操作分类与编码研究室
Ø 医疗服务支付制度研究室
Ø DRGs研究室
医疗卫生风险管理研究中心
医疗卫生风险管理理论与方法学研究
国家医疗卫生发展战略、政策与制度制定与实施中的风险管理研究与咨询；
国家医疗卫生领域风险防范与管理与咨询
医疗卫生服务机构发展及运行风险管理研究与咨询；
中央及各级政府提供决策技术咨询的服务平台。
建立学习、传播风险管理相关研究成果的推广应用平台以及广泛开展国际交流与合作的平台。
卫生部新型农村合作医疗研究中心
卫生部新型农村合作医疗研究中心在卫生部的统一领导和组织下，承担全国新型农村合作医疗的监督、检查和评估，业务指导与培训，信息管理与信息化建设，咨询、投诉与稽查，调查研究、总结推广经验，以及科研、国际交流与合作等项职责。
内设：
Ø 信息部
Ø 培训督导部
Ø 综合、外事与科研管理部
卫生部社区卫生服务研究中心
开展社区卫生服务的理论与政策研究；
承担国家社区卫生服务发展规划实施的组织协调、业务指导工作；
承担全国社区卫生服务发展规划实施的信息收集、整理、分析与管理工作，参与全国社区卫生信息系统的规划建设工作。
协助卫生部组织实施对全国社区卫生服务体系建设的检查评估、信息咨询和培训工作。
内设：
Ø 综合管理研究室
Ø 社区卫生政策研究室
Ø 社区卫生监测与评估研究室
卫生经济信息研究中心
卫生发展、卫生政策与卫生管理信息与情报研究；
科研数据管理及数据挖掘研究；
为所内科研提供信息技术支持；
本所文献、出版物编辑
科研教育处
负责本中心科研发展、日常科研与教学管理工作、开展学术交流与沟通工作
研究生教育与培训管理
行政办公室
协助中心主任处理行政事务以及所内日常综合协调工作。
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